Linuxun en büyük eksikliği Windows tabanlı programları çalıştıramaması. Çünkü bilgisayar kullanıcılarının %90 lık kısmı Windows ile başlıyor bilgisayar kullanmaya. Dolayısı ile de Windows programlarına alışıyorlar. Windows'un kolay kullanımlı programlarını bırakmak ta tabik zor geliyor. Mesela ben Netscape sevmem. Internet Explorer 5.x sürümleri ise Linux altında çalışmaz. İşte bu sorunlara çözüm bulmak için bazı projeler vardı. Bunlardan en çok gelişen ise Wine adlı windows emulatörü. Windows API lerini emule ederek çalışıyor. Bu nedenle her program çalışmaz. Ancak sitesinde çalışan programlar listesi var. Tabi ayrıca çalışan programlardan da çok verim beklemek yanlış olur.